На главную страницу второго семестра
Поиск гомологов фактора инициации трансляции IF1AY_HUMAN,
транскрибируемого с Y хромосомы человека с помощью программы Blast.
Количество гомологов при поиске с помощью программы BLASTp.
Эукариоты
|
Археи
|
Бактерии
|
12 |
20 |
9 |
Поиск "далеких" гомологов белка IF1AY_HUMAN с помощью программы Psi-Blast.
№ итерации
|
Эукариоты
|
Археи
|
Бактерии
|
E-value
IF1A_PYRAB
|
Количество
|
Новые
|
Количество
|
Новые
|
Количество
|
Новые
|
1 |
10(11) |
+10 |
20(20) |
+20 |
0(3) |
-0(+3) |
1e-06 |
2
|
12(28) |
+2 |
20(25) |
-0 |
52(119) |
+52 |
3e-32 |
3
|
40(59) |
+28 |
20(20) |
-0 |
121(132) |
+69 |
2e-32 |
4
|
40(56) |
-0 |
20(21) |
-0 |
121(157) |
-0 |
2e-28 |
Комментарий:
“+” означает, что на данной итерации появились новые гомологи,
“-”означает, что на данной итерации новых гомологов не появилось
В скобках указано общее количество найденных гомологов, без скобок – число гомологов с E-value выше порогового.
Выводы:
1.Первая итерация PSI-BLAST представляет собой результат поиска BLASTp.
2.PSI-BLAST можно использовать для поиска далеких гомологов ( гомологи, у которых сохранились только функционально значимые участки.) Такой поиск возможен за счет построения профилей.
3.Изменения E-value от одной итерации к другой происходят из-за различия профилей, используемых при каждой итерации.
Резкое уменьшение значения E-value при переходе с первой ко второй итерации объясняется тем, что во втором случае уже используется составленный профиль.
Затем E-value увеличивается из-за увеличения расширения выборки, за счёт новых белков, и постепенно возрастает.
На главную страницу второго семестра
©
Волкова Екатерина,2005