На главную страницу второго семестра

Поиск гомологов фактора инициации трансляции IF1AY_HUMAN, транскрибируемого с Y хромосомы человека с помощью программы Blast.

Количество гомологов при поиске с помощью программы BLASTp.

Эукариоты Археи Бактерии
12 20 9

Поиск "далеких" гомологов белка IF1AY_HUMAN с помощью программы Psi-Blast.

№ итерации Эукариоты Археи Бактерии E-value IF1A_PYRAB
Количество Новые Количество Новые Количество Новые
1 10(11) +10 20(20) +20 0(3) -0(+3) 1e-06
2 12(28) +2 20(25) -0 52(119) +52 3e-32
3 40(59) +28 20(20) -0 121(132) +69 2e-32
4 40(56) -0 20(21) -0 121(157) -0 2e-28

Комментарий:

  • “+” означает, что на данной итерации появились новые гомологи,
  • “-”означает, что на данной итерации новых гомологов не появилось
  • В скобках указано общее количество найденных гомологов, без скобок – число гомологов с E-value выше порогового.

    Выводы:

    1.Первая итерация PSI-BLAST представляет собой результат поиска BLASTp.
    2.PSI-BLAST можно использовать для поиска далеких гомологов ( гомологи, у которых сохранились только функционально значимые участки.) Такой поиск возможен за счет построения профилей.
    3.Изменения E-value от одной итерации к другой происходят из-за различия профилей, используемых при каждой итерации. Резкое уменьшение значения E-value при переходе с первой ко второй итерации объясняется тем, что во втором случае уже используется составленный профиль. Затем E-value увеличивается из-за увеличения расширения выборки, за счёт новых белков, и постепенно возрастает.

    На главную страницу второго семестра

    © Волкова Екатерина,2005